ReTimeML:一个保留时间预测器,支持LC-MS/MS分析脂质
Michael Allwright1, Boris Guennewig1, Anna E Hoffmann2,3
1ForeFront, Brain and Mind Centre, The University of Sydney, Sydney, Australia.
Scientific reports
|February 22, 2024
概括
ReTimeML是一个新的免费工具,可以准确地预测复杂样品中的胺和胺脂的保留时间. 这种自动化改进了脂质分析,并有助于识别新的脂质结构.
科学领域:
- 利皮多米克 (Lipidomics) 是一种消化剂.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 通过LC-MS/MS分析胺 (Cer) 和髓 (SM) 脂类物种是具有挑战性的,因为质量和碎片化模式模糊不清.
- 现有的方法难以区分具有相似质量电荷比的多个分子排列.
研究的目的:
- 开发一个计算工具ReTimeML,用于自动预测Cer和SM脂类物种的保留时间 (RTs).
- 通过解决LC-MS/MS数据中的模糊性来提高脂质组分析的准确性和效率.
主要方法:
- ReTimeML利用机器学习构建一个回归库,将质量与电荷 (m/z) 与已知标准的RT相关联.
- 该软件根据内部标准,校准器或质量控制的已确定的RT推断出未知的脂类物种的RT.
- 该模型不需要针对不同的LC-MS/MS管道进行再培训,确保了广泛的适用性.
主要成果:
- 在各种生物样本和LC-MS/MS设置中,ReTimeML证明了对各种Cer和SM结构的RT估计的高准确性,与手册注释相比,平均差异为0.232.43%.
- 该工具成功地将SM身份从血清和脑脊液样本中的异干扰中分辨出来.
- 确定了具有多不和结构的新型,非正规的斯芬戈米林,表现出对触媒清除的增强稳定性.
结论:
- 在复杂的LC-MS/MS分析中,ReTimeML提供了一种强大且可适应的解决方案,用于自动化脂质保留时间预测.
- 该软件提高了胺和髓识别的可靠性,特别是在具有挑战性的数据集中.
- 这一进步有助于发现以前未被描述的脂类物种及其生物学含义.
关键词:
陶胺是一种陶胺.大脑脊髓液中的脑脊液.在 LCMS/MS 中使用.这是拉索拉索.在这里,Python是Python.回归建模的回归模型.保存时间 保存时间里奇山脊 (Ridge Ridge) 是一个山脊.血清的血清是什么意思斯芬哥米叶林是一种神经元.简化简化简化简化简化更多相关视频
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