试管体RNA结合蛋白UBP1表达因CRISPR-Cas9基因编辑和过度表达而改变后的RNA-seq数据探索
Karina B Sabalette1,2, Vanina A Campo1,2, José R Sotelo-Silveira3,4
1Instituto de Investigaciones Biotecnológicas, Universidad Nacional de San Martín - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, 1650 General San Martín, Prov. de Buenos Aires, Argentina.
Data in brief
|February 23, 2024
概括
丰富的RNA结合蛋白1 (TcUBP1) 水平在过渡到感染阶段期间影响基因表达. 这项研究详细介绍了 TcUBP1 修饰导致的表皮虫的转录组变化.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 寄生虫学的寄生虫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 在表皮菌中,Trypanosoma cruzi U丰富的RNA结合蛋白1 (TcUBP1) 的过度表达模仿了感染阶段的基因表达.
- 在寄生虫发育过程中,TcUBP1在调节基因表达方面发挥作用.
研究的目的:
- 为了研究T. cruzi.在T. cruzi.从表表皮虫转变为元循环三虫的转录基因变化.
- 分析TcUBP1水平在这个发育阶段对mRNA丰度的影响.
主要方法:
- 使用CRISPR-Cas9基因编辑来修改TcUBP1表达在T. cruzi. epimastigotes中的表达.
- 在基因改造的表细胞上进行RNA测序 (RNA-seq).
- 对3种样本类型的RNA-seq数据进行生物信息学分析,每种样本有3个生物复制品.
主要成果:
- 在实验组之间确定了显著的mRNA丰度差异.
- 量化上下调节的mRNAs,以应对不同的TcUBP1蛋白水平.
- 创建了一个全面的转录组数据集,详细说明基因表达变化.
结论:
- 这项研究提供了对由TcUBP1水平影响的mRNA表达量的定量变异的见解.
- 这一数据集可以阐明TcUBP1在T. cruzi分化中的调控作用.
- 原始数据是公开可用于进一步研究的.


