通过下一代测序,从现场样本中生成高质量的非洲猪瘟病毒完整基因组
Chuan Shi1,2,3, Qinghua Wang1, Yutian Liu1
1China Animal Health and Epidemiology Center, Qingdao 266032, China.
Viruses
|February 24, 2024
概括
下一代测序 (NGS) 有效地从临床样本中生成非洲猪瘟病毒 (ASFV) 全基因组序列,特别是脏和血液的低Ct值. 这有助于ASFV的表征和疾病控制策略.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 非洲猪瘟 (ASF) 是一种破坏性病毒性疾病,影响着全球猪业.
- 非洲猪瘟病毒 (ASFV) 在家养猪和野猪中引起ASF.
- 全基因组测序对于ASFV菌株的特征,流行病学和疫苗开发至关重要.
研究的目的:
- 评估下一代测序 (NGS) 的性能,以从临床样本中生成ASFV全基因组序列.
- 确定最佳样本类型和病毒载荷条件,以成功测序ASFV基因组.
- 为了利用生成的ASFV基因组序列进行遗传学分析.
主要方法:
- 34个ASFV阳性现场样本 (脏,淋巴结,肺,肝脏,血液) 的测序,Ct值各不相同 (14.7325.95).
- 对ASFV的分析读取了不同组织类型的比例.
- 基因组覆盖范围的宽度和深度的评估,基于Ct值和样本来源.
主要成果:
- 脏样本显示ASFV读数比其他组织高3.699.86倍.
- 从脏样本中获得了高质量的ASFV基因组 (≥99.8%宽度,≥10×覆盖率),Ct < 20.
- 血液样本还显示出高平均测序覆盖率,适合基因组生成.
结论:
- NGS是有效的ASFV全基因组表征的一个有价值的工具.
- 脏和血液样本的Ct值低于20是产生高质量的ASFV基因组序列的最佳选择.
- 生成的基因组数据促进了高分辨率的遗传学分析,以了解ASF流行病.
