为SPY信号网络映射提供TurboID介导的近距离标签的工作流的改进
TaraBryn S Grismer1,2, Sumudu S Karundasa1, Ruben Shrestha1
1Division of biosphere science and engineering, Carnegie Institution for Science, Stanford, California, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|February 26, 2024
概括
这项研究增强了近距离标记质谱法 (PL-MS) 用于绘制蛋白质相互作用的地图. 优化的丰富和分析方法改善了低丰度蛋白质和短暂相互作用者的检测,识别了新的相互作用.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 近距离标记质谱 (PL-MS) 对于绘制蛋白质-蛋白质相互作用至关重要.
- 在PL-MS研究中,假阴性阻碍了低丰度或短暂相互作用物的检测.
- 对生物化蛋白质的直接水平丰富方法需要进一步探索.
研究的目的:
- 为了比较和优化基于TurboID的PL-MS的丰富和数据分析方法.
- 改进检测低丰富度的诱蛋白及其短暂相互作用体.
- 为了确定O-糖转移酶SPY的新型蛋白相互作用体.
主要方法:
- 使用了与SPY (O-fucose转移酶) 融合的TurboID,用于近距离标记.
- 对比了斯特雷普塔维丁珠 (MyOne,M280) 和抗体珠,用于水平的丰富.
- 优化生物素度和洗方案,以提升蛋白质水平.
- 使用FragPipe的MSFragger用于蛋白质识别和量化.
主要成果:
- M280链状维丁珠在水平丰富方面表现出卓越的性能.
- 较高的生物素度提高了对水平丰富的检测.
- FragPipe的MSFragger在SPY交互原子丰富方面表现优于其他软件.
- 确定了160个富含SPY-TurboID的相互作用器,其中包括100个新型反应器.
- 定量蛋白质组学揭示了SPY会影响核蛋白等相互作用体的蛋白质水平.
结论:
- 优化的PL-MS协议增强了蛋白质相互作用者的识别,特别是对于低丰度蛋白质.
- 结合蛋白质和水平的丰富策略提供了互补的结果.
- 开发的方法为TurboID和其他近距离标记系统在生物研究中提供了更广泛的应用.
