一种强大,可扩展和具有成本效益的方法,直接从临床样本中对RSV的全基因组测序

科学领域:

• 病毒学和基因组学
• 传染病监测 传染病监测 传染病

背景情况:

• 呼吸道同胞性病毒 (RSV) 在儿童和老年人中引起显著的发病率和死亡率.
• 最近批准的RSV疫苗和单克隆抗体强调了持续基因组监测的必要性.
• 现有的RSV全基因组测序方法对于临床样本来说并不稳固,成本效益低,或高吞吐量.

研究的目的:

• 开发和验证一个强大的,具有成本效益和可扩展的管道,用于RSV的高通量全基因组测序.
• 在全球范围内持续对循环RSV基因型进行基因组监测.
• 提供一种适用于临床标本和培养分离物的方法.

主要方法:

• 开发Next-RSV-SEQ,这是一个实验和计算管道,利用基于捕获的下一代测序的解决方案混合化.
• 通过自动化图书馆准备和聚合来优化,以减少实践时间和成本.
• 适用于历史和当前的RSV基因型,包括测试可扩展性到其他呼吸道病毒.

主要成果:

• 在98%的标本 (Cp ≤31) 中,Next-RSV-SEQ实现了近完全到完全的基因组序列.
• 获得了高中位点点击读数 (>93%) 和平均覆盖深度 (1,000-5,000x).
• 从病毒载荷低至230个副本/μL的RNA样本中成功恢复整个基因组;这种方法适应类型流感病毒和人类甲型肺炎病毒.

结论:

• 下一个RSV-SEQ提供了一个可扩展的,经济高效的解决方案,用于从临床样本生成高质量的RSV全基因组.
• 该管道支持对所有流通的RSV基因型的持续基因组监测.
• 该方法对其他呼吸道病毒的适应性扩大了其对未来监测计划的实用性.