基于安普利康的全基因组测序测定,对呼吸道同胞性病毒亚型A和B进行了强大而敏感的测定

科学领域:

• 病毒学 病毒学
• 基因组学就是基因组学.
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 预防呼吸道同胞性病毒 (RSV) 是全球卫生重点,新的疫苗和治疗方法针对RSV融合蛋白 (RSV-F).
• 新出现的RSV-F突变可能会降低抗体中和的有效性,需要对流通的菌株进行持续的全球监测.
• 现有的基因组监测方法需要改进才能大规模实施.

研究的目的:

• 开发和验证可靠的,高通量RSV全基因组测序 (WGS) 试验,直接用于临床样本.
• 提高RSV基因组监测的敏感性和效率.
• 支持监测RSV基因组变异和潜在的抗原逃逸的国家和全球计划.

主要方法:

• 一种改进的高通量RSV WGS测定方法,采用4个primer-pool,短amplicon PCR-tiling方法.
• 来自上呼吸道的临床样品的直接测序,没有进行丰富.
• 适用于2019年至2023年期间收集的1,071个临床标本.

主要成果:

• 该试验显示出高灵敏度,值约为4×103到8×103拷贝/毫升,全基因组覆盖率>96%.
• 通过使用Ct值为31作为切线,获得了超过90%的基因组覆盖率的总体成功率为96.83%.
• 该试验适用于短读测序平台,并以经济有效的方式提供高质量的测序.

结论:

• 开发的RSV WGS测定是一种敏感,高效和具有成本效益的工具,用于大规模的基因组监测.
• 这种方法可以直接应用于临床标本,改进了以前的方法.
• 该测试对于监测RSV演变,告知公共卫生战略,并确保为新干预措施做好准备至关重要.