酵母杂交体中可转移元素的基因组景观是由结构变异和转移速率的基因型特异调制形成的
Mathieu Hénault1,2,3,4, Souhir Marsit1,2,3,4,5, Guillaume Charron1,3,4,5
1Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Canada.
混合化不会增加可转移元素 (TE) 的动员. 结构变异,而不是TE转化,在酵母杂交体中显著影响TE负载,基因型特定的因素调节转化速率.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 可转移元素 (TE) 有助于基因组变异,它们的分布受到结构变异 (SV) 的影响.
- 一个假设表明杂交会动员TE,增加混合体中的TE负载.
- 以前使用短读测序的研究没有发现混合酵母菌株中TE负载增加的证据.
研究的目的:
- 精确描述 SVs 在酵母杂交物中塑造 TE 景观中的作用.
- 调查混合化是否触发了TE动员,并增加了TE负载.
- 确定调节混合背景中TE转化率的因素.
主要方法:
- 在混合酵母基因型 (Saccharomyces paradoxus和Saccharomyces cerevisiae) 上进行大规模突变积累 (MA) 实验.
- 长读分相和组装以解决混合基因组.
- 在体内测试以测量各种混合背景中的TE转化率.
主要成果:
- 高度连续的分相组件显示,SVs (多重合体性,无重合体性,异构性丧失) 显著影响TE负载.
- 只有18个de novo TE插入的特征,表明转换在MA线上塑造TE景观中扮演的角色很小.
- 杂交并没有增加转移速率;这些速率是由基因型特定的因素 (如初始TE负载和线粒体DNA遗传) 调节的.
结论:
- 结构变异,而不是TE转化,是酵母杂交体中TE负载动态的主要驱动因素.
- 杂交本身似乎没有动员可转移的元素.
- 基因型特定的变异和初始TE负载显著影响混合基因组中的转换率.
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