实时定量反转录聚合酶连锁反应检测加拿大废水中的SARS-CoV-2Delta变体
Shelley Peterson1, Jade Daigle1, Codey Dueck1
1Wastewater Surveillance Unit, National Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada, Winnipeg, MB.
概括
一种新的RT-qPCR试验有效地检测到加拿大废水中的SARS-CoV-2Delta变体. 这种方法有助于快速,人口级别的病毒监测,改善公共卫生监测.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 变种引起关注,对公共健康构成重大风险.
- 污水监测对于监测传染病传播至关重要.
- 在全球范围内已经检测到SARS-CoV-2的Delta变种,需要强大的追踪方法.
研究的目的:
- 开发和验证实时定量逆转录聚合酶连锁反应 (RT-qPCR) 试验.
- 在废水中检测特定于SARS-CoV-2Delta变异的N基因D377Y突变.
- 评估该试验对加拿大人口层面监测的有用性.
主要方法:
- 从加拿大城市和农村社区收集了980个废水样本 (2021年7月至11月).
- 使用开发的RT-qPCR试验对D377Y突变进行选的样本.
- 评估了测试灵敏度和特异性,用于检测Delta变种.
主要成果:
- 在加拿大多个地区检测到SARS-CoV-2Delta变种,包括主要城市和偏远地区.
- RT-qPCR测定显示出足够的灵敏度和特异性来检测和量化废水中的Delta变种.
- 该试验被证明是快速人口层面查的有效方法.
结论:
- 开发了一种新的,具有成本效益的RT-qPCR测定方法,用于跟踪SARS-CoV-2Delta变种.
- 这种检测可以很容易地纳入现有的废水监测计划.
- 该方法为快速,人口级别的变种跟踪和公共卫生响应提供了有价值的工具.
