基于转录组分析,构建影响肌肉内脂肪含量和肉色红的共同表达网络
Binbin Wang1, Liming Hou2, Wen Yang2
1Institute of Animal Husbandry and Veterinary, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China.
Frontiers in genetics
|February 28, 2024
概括
共同的基因影响肌内脂肪含量 (IFC) 和猪肉颜色 (CIE a*值). SOX9/CEBPB/PPARGC1A轴可以共同调节这些特征,为改善猪肉质量提供见解.
科学领域:
- 动物遗传学动物遗传学
- 分子生物学分子生物学
- 食品科学 食品科学 食品科学
背景情况:
- 肌肉内脂肪含量 (IFC) 和肉色 (CIE a*值) 是猪肉质量的关键指标.
- 一个积极的相关性表明IFC和肉红的共同遗传调节.
研究的目的:
- 确定候选基因,枢纽基因和调节IFC和CIEa*值的信号通路.
- 研究这些特征的共同调节背后的分子机制.
主要方法:
- 对147只具有极端IFC和CIEa*表型的杂交猪进行了转录组分析.
- 不同基因表达分析 (DESeq2,limma,edgeR) 和权重基因同表达网络分析 (WGCNA).
- 蛋白与蛋白相互作用 (PPI) 网络分析和功能丰富.
主要成果:
- 已确定IFC和CIE的重叠差异表达基因 (DEGs) a* value.
- WGCNA揭示了四个模块与这两种特征有显著的相关性.
- 发现了47个 (IFC) 和53个 (CIE a*) 候选基因,分别有5个和13个枢纽基因. 四个枢纽基因 (MYC,SOX9,CEBPB,PPAGRC1A) 是共享的.
- 参与脂质代谢和氧化还原反应的基因.
结论:
- 假设SOX9/CEBPB/PPARGC1A轴是共同调节脂质代谢和肌球蛋白的氧化还原反应的.
- 这些枢纽基因和通路为提高猪肉质量提供了理论基础.
