流细胞计辅助的人类和小鼠脂肪组织单核RNA测序与样本复合的协议
Anton Gulko1, Adam Essene1, Dylan Matthew Belmont-Rausch2
1Division of Endocrinology, Diabetes, and Metabolism, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA; Boston Nutrition and Obesity Research Center/Boston Area Diabetes and Endocrinology Research Center Functional Genomics and Bioinformatics Core, Boston, MA, USA.
STAR protocols
|February 28, 2024
概括
这项研究为脂肪组织的单核RNA测序提供了一个新的工作流程,克服了细胞大小和成本的局限性. 该方法提高了脂肪组织研究的数据质量和成本效益.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 脂肪组织单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 受到脂肪细胞大小,脆弱性和高商业套件成本的限制.
- 现有的方法面临数据质量方面的挑战,包括质量差的核和环境RNA污染.
- 批量效应和试剂废弃物是scRNA-seq工作流程中的重要问题.
研究的目的:
- 开发一个改进的工作流程来隔离和分析脂肪组织核的scRNA-seq.
- 提高脂肪组织单核RNA测序的成本效益和数据质量.
- 为了整合流细胞计,以精确处理和聚合核.
主要方法:
- 开发了一种工作流程,用于从单个脂肪组织样本中分离和样本条形码核.
- 综合流动细胞计量用于质量控制,细胞计数和精确的细胞核聚合.
- 直接将聚合核装载到10 × Chromium控制器上进行单细胞分析.
主要成果:
- 工作流程有效地克服了与脂肪细胞大小和脆弱性相关的限制.
- 消除了批量混,减少了质量差的核,并将环境RNA污染降到最低.
- 显著减少与滴滴加载相关的试剂废物,提高成本效益.
结论:
- 开发的工作流显著提高了脂肪组织scRNA-seq.的信息内容和成本效益.
- 这种方法为脂肪组织研究提供了强大而可扩展的解决方案.
- 该方法可以生成更高质量的数据,以了解脂肪组织生物学.
