无细胞微生物DNA分析:血和血清数量的影响,生物银行协议和隔离套件

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 人体血液中的细菌序列表明,它对循环中的微生物特征具有临床意义.
• 标准化样本制备对于可靠的细菌分析至关重要,尤其是在将来自不同生物库的样本组合在一起时.
• 样本采集和核酸提取的变化可以影响检测到的微生物组成.

研究的目的:

• 调查样本采集和核酸提取方法对循环细菌组成的影响.
• 为了确定哪些预分析变量 (采血管,离心,输入体积,DNA提取套件) 最能影响细菌概况.
• 评估使用不同的实验条件获得的细菌特征的可比性.

主要方法:

• 从健康人群中采集血液样本,使用K2EDTA,酸或凝管.
• 样品经过标准或双重离心,输入体积为100,200或500μL.
• 用Norgen,MagMAX或Qiagen套件提取DNA,然后进行16SrRNA V1-V2库的准备和测序.

主要成果:

• DNA提取套件对微生物群组成产生了最重要的影响 (PERMANOVA,PCoA,曼-惠特尼,FDR测试).
• 血液采集管类型,离心和输入体积对细菌形状产生了轻微的影响.
• 诺根套装富含格拉姆阴性细菌,而基亚根和马格马克斯套装富含格拉姆阳性细菌,基亚根和马格马克斯产生更相似的特征.

结论:

• 选择DNA提取套件是影响观察到的循环细菌组成的关键因素.
• 对DNA提取协议的标准化对于血液中微生物特征的可复制和可比分析至关重要.
• 了解这些预分析影响对于准确诊断,预测和使用微生物特征监测健康状况至关重要.