对阿尔茨海默氏病家族的WGS中结构变异调用的比较研究
John S Malamon1, John J Farrell2, Li Charlie Xia3,4
1Department of Pathology and Laboratory Medicine, Penn Neurodegeneration Genomics Center, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, Philadelphia, PA, USA.
这项研究引入了一个强大的协议,用于检测全基因组测序数据中的结构变异 (SV). 开发的方法成功生成了一个高质量的删除调用集,该调用集通过桑格序列验证.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在全基因组测序 (WGS) 中检测结构变异 (SV) 是复杂的.
- 阿尔茨海默病测序项目 (ADSP) 提供了来自111个家庭的578个人的WGS数据.
研究的目的:
- 提出一个全面的SV检测协议,包括变异调用,合并,基因型和验证.
- 从ADSP WGS数据生成高质量的SV调用集.
- 评估SV检测方法的灵敏度和准确性.
主要方法:
- 使用两个互补的管道,Scalpel和Parliament,用于SV/indel通话.
- 评估灵敏度使用样本复制品与in silico变体的尖端插入.
- 开发了一种新的D-score指标,用于删除呼叫者的特异性,并通过桑格序列测序验证了删除.
主要成果:
- 创建了一个高质量的呼叫集,包含152,301次删除.
- 桑格测序验证了78.1% (114/146) 的检测到的删除.
- 在删除≤100 bp时,Scalpel是准确的,在删除>900 bp时,Parliament是准确的;83.0%和72.5%的呼叫分别得到了验证.
结论:
- 灵活的协议成功地产生了高质量的删除呼叫集.
- 建立了一个对Sanger测序验证删除的真实集,并确定了精确的断点.
- 该研究强调了不同调用者的优势,用于各种删除大小.
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