马来西亚热带河流中淡水鱼的环境DNA元编码使用短读纳米孔测序作为潜在的生物监测工具
Kaviarasu Munian1,2, Farah Farhana Ramli1, Nursyuhada Othman1
1Environmental Management and Conservation Research Unit (eNCORe), Faculty of Applied Sciences and Technology, Universiti Tun Hussein Onn Malaysia (Pagoh Campus), Muar, Johor, Malaysia.
Molecular ecology resources
|February 29, 2024
概括
使用纳米孔测序的环境DNA (eDNA) 元编码为记录马来西亚淡水鱼类生物多样性的成本效益高的方法. 这种方法比传统方法检测到更多的物种,有助于保护工作.
科学领域:
- 生态生态学 生态生态学
- 基因组学就是基因组学.
- 保护生物学 保护生物学
背景情况:
- 资金限制限制了马来西亚的生物多样性研究和保护.
- 传统的鱼类调查是耗时的,可能无法捕获完整的物种多样性.
- 环境DNA (eDNA) 元编码为具有成本效益的生物多样性评估提供了一个潜在的解决方案.
研究的目的:
- 评估eDNA元编码与纳米孔测序的有效性,用于马来西亚的淡水鱼类检测.
- 在物种检测和成本效益方面,将eDNA元编码与传统采样方法进行比较.
- 评估不同eDNA原始体 (12S rRNA,细胞染色氧化酶I) 和测序方法 (metabarcoding,shotgun) 的影响.
主要方法:
- 从马来西亚恩达乌罗宾景观的三条河流中收集了eDNA样本.
- 使用纳米孔测序 (MinION) 进行eDNA元编码.
- 与传统的鱼类采样技术相比,比较物种检测率和成本.
主要成果:
- 通过使用MinION识别值,识别了22种物种>97%和71种物种>90%的识别值.
- 与传统方法相比,eDNA元编码检测到超过13%的淡水鱼类物种.
- 与传统采样相比,eDNA元编码显示成本降低了33.4%.
- 在12S rRNA和细胞氧化酶I原酶之间没有观察到物种检测的显著差异.
结论:
- 基于纳米孔测序的eDNA元编码是马来西亚淡水鱼类生物多样性文档的成本效益高效的工具.
- 与传统方法相比,这种方法显著提高了物种检测.
- 电子DNA元编码可以补充现有方法,改善保护规划,并支持生物多样性监测,尽管资金有限.
