鉴定内瘤细菌相关的预后风险评分在上腺皮癌的上腺皮癌

科学领域:

• 微生物学和瘤学
• 癌症基因组学和生物信息学

背景情况:

• 内瘤细菌 (ITB) 已与癌症的发展和进展有关.
• 以前的研究提出了关于ITB检测在癌症基因组图谱 (TCGA) 数据中的作用和方法的相互矛盾的证据.
• 在 adrenocortical carcinoma (ACC) 中,ITBs 的预后意义仍然不清楚,这是一种罕见而具有攻击性的癌症.

研究的目的:

• 调查上皮癌 (ACC) 中内细菌 (ITB) 的存在和预后价值.
• 为了在不同的测序平台和数据处理方法中比较ITB配置文件.
• 为了确定ITB签名是否可以预测ACC患者的整体存活率 (OS).

主要方法:

• 16S rRNA测序是在来自华山医院和中国医学大学 (HS) 联合队列的26个ACC样本上进行的.
• 将ITB资料与普尔等人处理的TCGA数据进行了比较. (TCGA-P) 和萨尔茨伯格等人. (TCGA-S) 的公司.
• 一个五代ITB风险评分被开发和验证,用于预测整体存活率 (OS).

主要成果:

• 在HS队列和TCGA数据集之间检测最丰富的细菌属时,观察到显著的差异.
• 无论是ITB的alpha还是beta多样性都与生存无关,在HS队列中,ACC也无法通过ITB签名来分类.
• 五个基因的ITB风险评分 (Corynebacterium,Mycoplasma,Achromobacter,Anaerococcus和Streptococcus) 是OS的独立预后,并在TCGA-P和TCGA-S队列中得到验证.

结论:

• 某些内细菌 (ITB) 的特征与上腺皮癌 (ACC) 的预后有关.
• 经过验证的五代ITB风险评分一致预测不同队列和测序平台的整体存活率.
• 这些发现表明,特定的ITB特征可能在ACC中发挥普遍致病作用.