评估滴滴数字PCR对废水中SARS-CoV-2的量化敏感度

科学领域:

• 环境科学环境科学
• 病毒学 病毒学
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 废水监测对于监测SARS-CoV-2等传染病至关重要.
• 反转录-定量聚合酶链反应 (RTqPCR) 是标准的,但反转录滴滴数字PCR (RTddPCR) 提供了潜在的改进.
• 将RTqPCR和RTddPCR进行比较对于优化基于废水的流行病学至关重要.

研究的目的:

• 为了比较RTqPCR和RTddPCR在废水中检测SARS-CoV-2的性能.
• 在低发病率期间评估这两种方法的灵敏度和准确性.
• 为未来环境监测计划选择PCR方法提供信息.

主要方法:

• 在德国萨克森州的第三波SARS-CoV-2流行病期间收集了废水样本.
• 使用RTqPCR和RTddPCR检测和量化病毒RNA.
• 对于每种方法,都确定了检测极限 (LOD) 和量化极限 (LOQ).

主要成果:

• 无论是RTqPCR还是RTddPCR都显示出在废水中检测SARS-CoV-2的高度敏感性.
• 在这两种方法之间,在阳性或可量化的样本数量方面没有发现显著差异.
• 观察到的RTddPCR的灵敏度增加小于理论上预期的.

结论:

• 对于SARS-CoV-2废水监测,RTqPCR和RTddPCR都非常敏感.
• 与RTqPCR相比,RTddPCR在敏感性方面的实际优势是有限的.
• 选择方法应优先考虑可用资源和环境监测所需的吞吐量.