通过选择性丰富细菌基因组DNA从真核宿主基因组DNA使用ATAC-seqq进行改进的元基因组组装
Lindsey J Cantin1, Julie C Dunning Hotopp2, Jeremy M Foster1
1Biochemistry and Microbiology Division, New England BioLabs, Ipswich, MA, United States.
Frontiers in microbiology
|March 1, 2024
概括
使用测序 (ATAC-seq) 进行转化酶可访问染色质的测试,从宿主样本中丰富细菌DNA. 这种方法可以有效地组建细菌基因组,这对于研究宿主微生物相互作用和传染病至关重要.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 微生物学 微生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 培养细菌具有挑战性,阻碍了用于基因组分析的DNA提取.
- 宿主DNA污染使细菌基因组的组装复杂化,特别是在Wolbachia等无法培养的物种中.
- 了解宿主-微生物关系需要强大的细菌基因组测序方法.
研究的目的:
- 评估ATAC-seq对丰富来自宿主组织的细菌DNA的疗效.
- 为了证明ATAC-seq在组装细菌基因组中的实用性,特别是对于有义务的细胞内细菌.
- 展示ATAC-seq作为微生物组和传染病研究的经济有效和高效方法.
主要方法:
- 在感染Wolbachia (wBm) 的Brugia malayi线虫上使用ATAC-seq丰富细菌DNA.
- 使用Tn5转化酶进行优选切割和适配器结合缺乏组分素的细菌DNA.
- 从丰富的ATAC-seq数据组装wBm基因组.
主要成果:
- 使用ATAC-seq.实现了50倍丰富的细菌序列.
- 从最小的测序数据成功组装了>97%的wBm基因组.
- 从Mycobacterium tuberculosis和E. coli的之前的ATAC-seq数据集中证明了显著的细菌序列丰富和改进的基因组组装.
结论:
- ATAC-seq为细菌DNA丰富提供了一种快速,低投入的方法.
- 与标准方法相比,这种技术显著提高了细菌基因组组装效率.
- ATAC-seq是共生,传染病和微生物组研究的宝贵工具.
