在妊娠前和癌症中与溶酶体相关的生物标志物:机器学习和生物信息学分析
Hai Tang1, Xin Luo2, Xiuyin Shen2
1Zhongshan School of Medicine, Sun Yat-sen University, Guangzhou, Guangdong, 510080, China; Foshan Institute of Fetal Medicine, Southern Medical University Affiliated Maternal and Child Health Hospital of Foshan, Foshan, Guangdong, 528000, China; Department of Obstetrics, Southern Medical University Affiliated Maternal and Child Health Hospital of Foshan, Foshan, Guangdong, 528000, China.
这项研究确定了四个与溶酶体相关的基因 (GBA,OCRL,TLR7,HEXB) 作为孕前的诊断生物标志物和癌症的潜在共享标志物,提供了新的治疗点.
科学领域:
- 基因组学和分子生物学
- 生殖医学 生殖医学
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 溶解体是关键的细胞调节器,与各种疾病有关.
- lysosome相关基因在孕前和癌症中的特定作用尚未完全理解.
研究的目的:
- 为了确定产前的溶酶体相关生物标志物.
- 调查产前和各种癌症之间共享的生物标志物.
主要方法:
- 使用GEO数据集进行差异基因表达分析 (GSE60438,GSE75010).
- 鉴定不同表达的溶酶体相关基因.
- 基因本体学和通路丰富分析.
- 免疫细胞透分析 (CIBERSORT).
- 机器学习算法和用于诊断模型构建的名ogram.
- 使用TIMER,Sangebox和TISIDB数据库进行泛癌分析.
主要成果:
- 在孕前症中发现了11个不同表达的溶酶体相关基因.
- GBA,OCRL,TLR7和HEXB被确定为具有高精度的关键诊断生物标志物.
- 这些生物标志物在一个独立的队列 (GSE25906) 中得到验证.
- 全癌症分析显示它们与瘤预后和免疫透有关.
- 确定了12种潜在的治疗药物.
结论:
- GBA,OCRL,TLR7和HEXB是潜在的共享溶酶体相关的诊断生物标志物,用于孕前和癌症.
- 这些发现提供了对这些疾病的分子机制和潜在治疗策略的见解.
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