在CHO细胞中单细胞mtDNAseq的完整工作流程,从细胞培养到生物信息分析
Alan Foley1,2, Nga Lao1, Colin Clarke2,3
1Cell Engineering Group, National Institute for Bioprocessing Research and Training, Dublin, Ireland.
Frontiers in bioengineering and biotechnology
|March 5, 2024
概括
单个中国仓鼠卵巢 (CHO) 细胞分析揭示了显著的线粒体DNA (mtDNA) 异质体,突出了克隆群体内的遗传变异. 这一发现对于理解和改善生物制药生产的一致性至关重要.
科学领域:
- 生物技术是生物技术.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 中国仓鼠卵巢 (CHO) 细胞对于生产重组治疗性蛋白质至关重要.
- 维持克隆性CHO细胞系的遗传和表型一致性对于生物制药生产至关重要.
- 以前的批量分析表明CHO细胞中的线粒体DNA (mtDNA) 序列变异 (异质体),但单细胞分辨率缺乏.
研究的目的:
- 在CHO细胞中开发和介绍单细胞mtDNA测序 (scmtDNAseq) 的一个强大的协议.
- 在CHO细胞群中,在单细胞水平上表征mtDNA异质体.
- 研究mtDNA异质性对细胞系性能和潜在的基因工程策略的影响.
主要方法:
- 开发一个包括细胞培养,单细胞隔离和生物信息分析在内的综合性协议.
- 将scmtDNAseq协议应用于一个由单个CHO细胞组成的面板.
- 生物信息管道用于分析单细胞mtDNA序列数据.
主要成果:
- 成功实施了scmtDNAseq协议.
- 初步证据表明,同一群体的单个CHO细胞之间存在显著的mtDNA异质体.
- 在单细胞分辨率下量化线粒体基因组内的遗传变异.
结论:
- 与散装分析相比,单细胞分析为CHO细胞中mtDNA异质体的特征提供了更高的分辨率.
- 识别的mtDNA异质性可能会影响CHO生产细胞系的表型表现.
- 开发的scmtDNAseq方法是未来研究CHO细胞系工程和生物制药制造优化的关键工具.
