微信B17等离子体pMccB17的完整核酸序列和比较基因组分析
Mayokun Ajeigbe1, Stephen Childs2, Timothy A Paget3
1School of Nursing and Health Sciences, Faculty of Health Sciences and Wellbeing, University of Sunderland, Sunderland, UK.
MicrobiologyOpen
|March 5, 2024
概括
我们从大肠杆菌中测序了微信等离子体pMccB17,揭示了其完整的DNA序列和微信 (mcb) 操作子. 这项分析提供了细菌抗生素生物合成和等离子体进化方面的见解.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 微B17 (MccB17) 是由大肠杆菌产生的类抗生素,可以抑制DNA旋转酶.
- 负责MccB17生物合成和出口的基因位于微信操作子 (mcb) 上.
- 此前,mcb操作子在大肠杆菌LP17中的IncFII等离子体pMccB17中被发现,后来被转移到大肠杆菌K-12.
研究的目的:
- 进行微信等离子体pMccB17的综合序列和生物信息分析.
- 为了获得MCB操作子的确切DNA序列.
- 描述pMccB17.的遗传内容和进化背景.
主要方法:
- 从大肠杆菌K-12菌株RYC1000 [pMccB17]中提取等离子体DNA.
- 使用Illumina短读技术 (两次运行) 的高通量测序.
- 序列组装成一个单一的结合,通过桑格序列测序关闭差距,以及基因预测/注释 (Prokka,BLAST).
主要成果:
- 确定了pMccB17 (69,190 bp) 的完整圆形DNA序列,其中有81个预测的基因.
- 确定了七基因mcb操作子的最终序列.
- 该等离子体属于F2:A-:B-复制体类型,具有MOBF12结合系统,并与其他IncFII等离子体共享骨干基因.
- 值得注意的是,pMccB17缺乏可移植元素和抗生素耐药性基因,并含有25个功能不明的基因.
结论:
- pMccB17的完整基因组序列为微信生物合成和等离子体生物学提供了一个参考.
- pMccB17代表了一个独特的IncFII等离子体,缺乏常见的移动遗传元素和抗生素耐药性基因.
- 未知功能的确定的基因需要进一步调查,以阐明它们在等离子体生物学或宿主相互作用中的作用.
