菌类和细菌肠道微生物群在 Clostridioides difficile 殖民和感染之间有所不同
Jannie G E Henderickx1,2, Monique J T Crobach2, Elisabeth M Terveer2,3
1Center for Microbiome Analyses and Therapeutics, Department of Medical Microbiology, Leiden University Medical Center, Leiden 2333 ZA, the Netherlands.
Microbiome research reports
|March 8, 2024
概括
肠道菌群在Clostridioides difficile感染 (CDI) 和殖民 (CDC) 方面有所不同,但不能预测这些情况. 细菌微生物群是区分CDI与CDC和对照的关键.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 医学真菌学 医学真菌学
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 细菌微生物群在Clostridioides difficile感染 (CDI) 中的作用已经确立,但真菌菌群仍未得到充分研究.
- 了解菌群对CDI病变的贡献及其与细菌的相互作用对于开发新型诊断和治疗方法至关重要.
研究的目的:
- 调查肠道菌群在Clostridioides difficile殖民和感染 (CDI) 的预测价值.
- 分析在CDI患者,无症状携带者 (CDC) 和健康对照者中的真菌菌菌群和细菌微生物群之间的相互作用.
主要方法:
- 来自CDI患者 (n=29),无症状C. difficile携带者 (CDC) (n=38) 和对照组 (n=38) 的便DNA使用ITS2测序分析了真菌生物组合.
- 之前生成的16S rRNA基因测序数据被用于集成的真菌-细菌网络分析和机器学习模型.
主要成果:
- 在CDI患者中,Candida spp.的丰度显著增加. 和Candida albicans,以及较低水平的Aspergillus spp. 在其中. 和Penicillium spp. 这种类型. 与对照组和疾病预防控制中心患者相比,分别.
- 网络分析表明,CDI和CDC州的各种真菌和细菌之间存在积极的关联,但Clostridioides spp.之间没有直接联系. 和真菌被观察到.
- 基于细菌微生物群的机器学习模型表现优于单纯菌生物群和组合模型,细菌分类器准确地区分了CDI与CDC (AUROC=0.884) 和对照 (AUROC=0.905). 蓝斑和双菌被确定为CDC和对照的关键细菌标记物.
结论:
- 肠道菌群组成在CDI,CDC和对照组之间有很大的差异,这表明对C. difficile动态有间接影响.
- 只有菌群数据本身就没有足够的预测能力来区分CDI,CDC和对照状态,也没有提高细菌微生物群数据的预测价值.
- 诸如Blautia和Bifidobacterium之类的细菌属显示为非感染状态的生物标志物具有前景,需要进一步调查.
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