利用巴西生物多样性数据库:使用计算方法和全原子分子动力学模拟来识别黄素作为SARS-CoV-2主要蛋白酶的潜在抑制剂
João Augusto Pereira da Rocha1,2,3,4, Renato Araújo da Costa3,5, Andreia do Socorro Silva da Costa3
1Laboratory of Modeling and Computational Chemistry, Federal Institute of Education, Science and Technology of Paraná (IFPA) Campus Bragança, Bragança, Brazil.
Frontiers in chemistry
|March 8, 2024
概括
来自巴西生物多样性的天然化合物显示出作为SARS-CoV-2抑制剂的前景. 计算分析确定了NuBBE_867作为潜在的针对主要蛋白酶 (Mpro) 的抗病毒药物,建议进一步调查COVID-19治疗.
科学领域:
- 计算化学和药物发现
- 病毒学和传染病学.
- 自然产品化学 自然产品化学
背景情况:
- 严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 导致COVID-19,这是一个全球卫生危机.
- SARS-CoV-2 主蛋白酶 (Mpro) 对于病毒复制至关重要,也是抗病毒开发的关键目标.
研究的目的:
- 以计算方式选天然产品以检测潜在的SARS-CoV-2 Mpro抑制剂.
- 评估黄类候选物的结合亲和力,选择性,稳定性和药物相似性.
主要方法:
- 使用利宾斯基的五项规则和分子对接 (GOLD) 对288种黄类的选.
- 使用MM-GBSA和MM-PBSA进行具有约束力的免费能源计算 (AmberTools23).
- 分子动力学模拟和毒性/药物相似性分析.
主要成果:
- 五种黄类化合物与Mpro相比,与共晶体配体相比,显示出更高的结合自由能量.
- 选择的化合物与Mpro活性部位残留物 (Cys145,Glu166) 形成了关键的键.
- 在分子动力学模拟中,NuBBE_867展示了最好的结合自由能量和稳定的形状.
结论:
- NuBBE_867是抑制SARS-CoV-2 Mpro.的有希望的天然产品候选者.
- 这项研究突出了巴西生物多样性的潜力,用于发现抗COVID-19的新型抗病毒剂.
