长读测序用于快速和可靠地识别正确的基因组编辑等位基因:基于PCR和Cas9捕获方法
Christopher V McCabe1, Peter D Price1, Gemma F Codner1
1The Mary Lyon Centre, MRC Harwell, Oxfordshire, United Kingdom.
PLoS genetics
|March 8, 2024
概括
长读测序有效验证了马赛克动物中复杂的CRISPR/Cas9编辑. 这种方法证实了精确的等位基因整合,克服了用于基因组编辑验证的传统测序的挑战.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 克里斯普尔/Cas9使得精确的等位基因引入,但往往导致马赛克创始动物.
- 在序列层面验证新生成的等位基因至关重要,但由于大间隔和马赛克主义而具有挑战性.
研究的目的:
- 评估牛津纳米孔技术长读测序用于验证CRISPR/Cas9编辑的等位基因.
- 开发一种分析工作流程,以便在一次读取中查询目标基因组段.
主要方法:
- 长读测序 (牛津纳米孔技术) 的应用到目标位置.
- 分析工作流程的组装用于序列验证.
- 基于PCR和基于Cas9捕获的目标测序输出的比较.
主要成果:
- 长读序列深度足以克服其用于验证目标区域的错误率.
- 工作流成功地在单个读取中查询整个目标段.
- 异合体动物和马赛克创始动物都得到了准确的描述.
结论:
- 向长读序列化是表征敲进和条件等位基因的强大工具,包括马赛克模型中的等位基因.
- 基于PCR和Cas9捕获的方法为等位基验证分析提供了明显的优势.


