一个通过单基因型解析的基因组提供了对野生核桃 (Juglans regia L.) 的等位基因特异表达的洞察力
Liqun Han1, Xiang Luo2, Yu Zhao1
1Institute of Horticulture Crops, Xinjiang Academy of Agricultural Sciences, the State Key Laboratory of Genetic Improvement and Germplasm Innovation of Crop Resistance in Arid Desert Regions, Key Laboratory of Genome Research and Genetic Improvement of Xinjiang Characteristic Fruits and Vegetables, Urumqi, China.
我们生成了野生核桃的哈普洛型解析基因组,揭示了基因模型和结构变异. 本资源有助于理解亚基因组进化和识别用于特征改进和环境适应的基因.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 分子育种是一种分子育种.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 野生生殖质对于作物改进至关重要,因为它具有独特的特征.
- 哈普洛型解析的基因组对于理解异合体物种至关重要.
- 核桃 (Juglans regia) 是一个重要的坚果作物,具有复杂的遗传学.
研究的目的:
- 为了生成一种野生核桃的高质量,分类型解析的参考基因组.
- 识别基因模型,结构变异和等位基因特异性表达基因 (ASEG).
- 为基因挖掘,分子育种和研究核桃适应性提供资源.
主要方法:
- 用于基因组组装的PacBio高保真性 (HiFi) 测序.
- Hi-C 技术用于脚手架和哈普洛型分辨率.
- 用于基因预测和结构变异识别的生物信息分析.
主要成果:
- 一个由单元型解析的基因组组合,在两个单元型中具有连续N50>33Mb.
- 527.20 Mb (hap1) 和526.40 Mb (hap2) 分配给16个伪染色体.
- 预测了41,039个 (hap1) 和39,744个 (hap2) 蛋白质编码基因,以及123个结构变异.
- 鉴定对寒冷应激有反应的等位基因特异性表达基因 (ASEG).
结论:
- 生成的单元型解析基因组为野生核桃提供了全面的资源.
- 这种基因组促进了对亚基因组进化和功能基因发现的研究.
- 这些发现支持使用野生核桃胚胎质来增强种植品种和了解环境适应性.
更多相关视频
10:40Comprehensive Workflow for the Genome-wide Identification and Expression Meta-analysis of the ATL E3 Ubiquitin Ligase Gene Family in Grapevine
Published on: December 22, 2017
09:54The Use of Induced Somatic Sector Analysis ISSA for Studying Genes and Promoters Involved in Wood Formation and Secondary Stem Development
Published on: October 5, 2016
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Genetic Lingo
What is Population Genetics?
Epistasis Analysis
Evolutionary Relationships through Genome Comparisons
Hardy-Weinberg Principle
