在体外功能分析和在病原体分泌的多糖氨酸酸酶的in silico结构建模
Todd A Naumann1, Nicole V Dowling2, Neil P J Price3
1USDA, Agricultural Research Service, National Center for Agricultural Utilization Research, Mycotoxin Prevention and Applied Microbiology Research Unit, 1815 N. University, Peoria, IL, 61604, USA.
Biochemical and biophysical research communications
|March 10, 2024
概括
多糖氨酸酸酶N-域 (PND) 不能切割酸酶. 计算分析揭示了多种蛋白质中的PND,这表明它除了蛋白酶活动之外还具有更广泛的生物学作用.
科学领域:
- 菌生物学的真菌生物学
- 蛋白质酶生物化学 蛋白质酶生物化学
- 结构生物学是结构生物学.
背景情况:
- 多糖氨酸酸酶是真菌分泌的蛋白质,具有血清蛋白酶活性.
- 它们通过它们的C域在玉米中切割Gly-Gly键.
- N-域 (PND) 的功能仍然没有表征.
研究的目的:
- 调查聚甘油酶N-域 (PND) 的功能.
- 确定PND是否直接参与胆酶分裂.
- 探索含有PND蛋白质的自然存在和潜在作用.
主要方法:
- 在实验室中,对Es-cmp多糖氨酸酸酶中保存的PND残留的局部导向突变发生.
- 高模糊性驱动的蛋白质 - 蛋白质 DOCK (HADDOCK) 用于ChitA结合的水解酶的in silico建模.
- 用Foldseek识别的含有PND的蛋白质的计算分析.
主要成果:
- 保存的PND残留物的突变发生并没有影响蛋白酶活性.
- 在模型中显示,PND和ChitA之间没有显著的预测相互作用.
- 含PND的蛋白质在生物学中很普遍,通常与蛋白质酶或激酶融合.
结论:
- PND不太可能直接参与ChitA裂变.
- PND很可能具有独特的,但未知的生物功能.
- PND是多功能蛋白质域,可以在各种生物环境中发现.


