在美国追踪基因组流行病学和物种发生情况

科学领域:

• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 基因组流行病学 基因组流行病学
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 血清性质是一种在北美特有菌病,主要沿着俄俄州和密西西比河谷.
• 在美国,Histoplasma capsulatum sensu lato的两种不同类型,Histoplasma mississippiense (Nam1) 和H. ohiense (Nam2) 引起疾病.
• 了解这些真菌血统的分子流行病学和地理分布对于公共卫生至关重要.

研究的目的:

• 为了弥合美国基因质等离子体病的分子流行病学差距.
• 通过全基因组测序,从广泛的地理区域分离出Histoplasma的基因型.
• 分析进化关系和模型物种利基,以准确地绘制疾病地图.

主要方法:

• 来自临床,环境和兽医来源的93个基因质细胞分离物 (62个新型基因组) 的全基因组测序.
• 进化分析以确定分离物之间的遗传学关系.
• 种类利基模型用于预测息地偏好和分布模式.

主要成果:

• 血清是由两个主要的血统引起的:H. ohiense (在东部州普遍存在) 和H. mississippiense (在美国中部和西部普遍存在).
• 在加利福尼亚州和德克萨斯州,零星病例与H. suramericanum有关.
• H. ohiense喜欢更温暖,更干燥的条件,而H. mississippiense则在更凉爽,更潮湿的环境中壮成长,并确定了重叠区域.

结论:

• 这项研究提供了最全面的基因组流行病学在美国的细胞质组病变.
• 确定了H. ohiense和H. mississippiense的独特地理分布和利基偏好.
• 预测的二次接触区域表明基因交换和杂交的潜力,影响未来的疾病动态.