在澳大利亚生物安全中使用便携式技术检测Khapra甲虫环境DNA
Alejandro Trujillo-González1, David N Thuo1, Uday Divi2
1EcoDNA Group, Centre for Conservation Ecology and Genomics, University of Canberra, Canberra, ACT, Australia.
Frontiers in insect science
|March 12, 2024
概括
使用qPCR检测khapra甲虫环境DNA (eDNA) 在尘埃样本中被证明是有效的. 便携式qPCR机器显示出生物安全的希望,尽管实验室方法产生了更多的DNA和阳性检测.
科学领域:
- 农业昆虫学 农业昆虫学
- 分子生物学分子生物学
- 生物安全和害虫管理
背景情况:
- 哈普拉甲虫 (Trogoderma granarium) 是储存谷物的全球主要害虫.
- 环境DNA (eDNA) 方法为生物安全提供了敏感的检测.
- 分子诊断对于快速识别害虫至关重要.
研究的目的:
- 评估实验室和便携式分子技术,以检测灰尘样本中的khapra甲虫eDNA.
- 为了比较不同DNA提取方法和测试 (TaqMan,LAMP) 的有效性.
- 评估便携式设备对于实时生物安全应用的适用性.
主要方法:
- 在生物安全响应期间收集空气和地板尘埃样本.
- 使用现场和实验室套件提取eDNA.
- 使用实验室和便携式实时PCR (qPCR) 和LAMP测定方法进行分析.
- 对DNA产量,Ct值和阳性检测率进行比较.
主要成果:
- 使用qPCR,但不是LAMP,成功地放大了khapra甲虫eDNA.
- 与便携式qPCR相比,实验室qPCR显示了显著更高的DNA产量和阳性检测.
- 实验室提取套件比现场套件产生了显著更多的DNA.
- 便携式热循环器准确地放大了来自组织的DNA,表明样本ID确认的潜力.
结论:
- qPCR适用于检测灰尘样本中的khapra甲虫eDNA.
- 便携式分子技术可以补充对病虫害识别的生物安全工作.
- 尽量减少样品的交叉污染对于基于eDNA的准确检测至关重要.
