一种用于纠正DNA复制数局部变化的方法,该方法用于对抗生素治疗的细菌进行功能基因组学试验

科学领域:

• 微生物学和基因组学 微生物学和基因组学
• 生物信息学和计算生物学

背景情况:

• 功能性基因组学技术,如转子子插入测序和RNA测序,对于细菌研究至关重要.
• 压力条件和抗生素可以改变DNA合成,导致DNA拷贝数的系统变化,并在测序数据中引入文物.

研究的目的:

• 在基于测序的功能基因组学数据中解决和纠正"染色体位置偏差".
• 提高在选择性条件下评估细菌突变适应性和基因表达的准确性,特别是在抗生素应激期间.

主要方法:

• 开发了一种基于原则的统计方法来计算染色体沿线的局部正常化因子,以纠正DNA复制数变异.
• 将这些规范化因子集成到标准RNA测序分析方法中,而不会改变原始读数.
• 作为一个案例研究,利用了用西波素治疗*埃舍里希亚大肠杆菌*的转子子插入测序数据.

主要成果:

• 证明,西普罗夫洛克萨辛治疗在功能基因组学数据中诱导染色体位置偏差.
• 表明未能纠正这种偏差导致对突变药物敏感性 (最小抑制度) 的错误预测.
• 开发了ChromoCorrect R包和Shiny应用程序,用于检测和纠正染色体偏差.

结论:

• 纠正染色体位置偏差对于在压力条件下准确的功能基因组学分析至关重要.
• ChromoCorrect 工具使功能基因组学技术可靠地应用于研究细菌中的抗生素应激.
• 精确的基因剂量校正增强了对基因适应性效应和调节在存在混DNA复制数差异的情况下的研究.