在结直肠癌中识别异常干细胞和分化活动的调节者,使用双内源性记者系统
Sandor Spisak1,2, David Chen1,3, Pornlada Likasitwatanakul1,4,5,6
1Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA.
Nature communications
|March 13, 2024
概括
研究人员确定SMARCB1是结直肠癌 (CRC) 分化的一个关键调节器. 这一发现是使用新型报告系统和CRISPR查发现的,突出显示了SMARCB1的存在.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 异常的干细胞类活性和受损的分化驱动结直肠癌 (CRC) 的发展.
- 确定这些细胞过程的关键调节者对于治疗策略至关重要.
研究的目的:
- 在结直肠癌中识别干细胞类活性和分化的功能介质.
- 为了利用一种新的双内源报告系统和CRISPR查来发现目标.
主要方法:
- 通过对SOX9和KRT20位点进行基因组编辑,在人类CRC细胞系中设计了一种双内源记者系统.
- 应用了针对78个表观遗传调节者的CRISPR屏幕,使用542个sgRNAs.
- 使用扰乱单细胞RNA测序 (Perturb-seq) 来分析验证的匹配结果.
主要成果:
- 确定了调节干细胞类活动和CRC分化的因素.
- 指定SMARCB1,BAF复合体 (SWI/SNF) 的一个组成部分,作为差异化的负调节器.
- 证明了SMARCB1的依赖性和对人体CRC模型体内生长的要求.
结论:
- 在结直肠癌中,SMARCB1在调节分化和瘤生长方面发挥着至关重要的作用.
- 开发的内源性报告员平台有效地揭示了CRC中的治疗点.
- 向SMARCB1可能是结直肠癌的潜在治疗策略.
