综合的替代分离图谱揭示了NSRP1通过CCDC18促进脂肪生成

科学领域:

• 基因组学和分子生物学
• 动物科学动物科学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 替代拼接 (AS) 对于基因调节和多样性至关重要,但它在猪中的作用,特别是比较东方和西方品种,尚未得到充分探索.
• 了解不同组织中的AS对于识别影响肉质和脂肪沉积等经济重要特征的基因至关重要.

研究的目的:

• 在8种组织中对猪的替代拼接事件 (ASE) 进行全面分析,整合转录因子 (TF),选择信号,拼接因子 (SF) 和定量特征位置 (QTL).
• 确定与组织特异性特征相关的基因和途径,特别是脂肪沉积和免疫反应,以及它们通过AS的调节.
• 发现用于猪遗传育种和肉质提升的新型标记基因.

主要方法:

• 从8个猪组织中分析了243个转录组数据集.
• 识别和分类五种类型的附属股权,重点是相互排斥的外汇交易 (MXE) 和跳过的外汇交易 (SE) 事件.
• 整合有关TF,选择信号,SF和QTL的数据,以了解AS监管.
• 差异替代拼接基因 (DASGs) 和差异表达基因 (DEGs) 的功能丰富分析.

主要成果:

• 确定了流行的MXE和SE ASEs,在整个组织中显著保留了AS基因 (ASG).
• 在DASG和DEG中观察到的组织特异性模式,血液和脂肪组织显示了更多的DASG.
• 丰富分析将脂肪中的coDASG_DEG与脂肪沉积和免疫炎症联系起来,血液中的coDASG_DEG与免疫炎症和新陈代谢联系起来.
• 确定了影响脂肪特征的潜在调节基因 (例如,ARID4A,NSRP1),NSRP1通过ACD18的AS调节促进脂肪生成.

结论:

• 替代拼接在调节猪的特征方面发挥着重要作用,包括脂肪沉积和免疫反应.
• 由AS调节的特定基因和途径被确定为改善养猪和肉质的潜在目标.
• 这项研究为猪肉质量多样性的遗传基础提供了宝贵的见解,并为育种计划提供了标记基因.