1型和2型爱斯坦-巴尔核抗原2与人类基因组的共享和独特的相互作用
Kenyatta C M F Viel1,2, Sreeja Parameswaran2, Omer A Donmez2
1Molecular and Developmental Biology Graduate Program, University of Cincinnati College of Medicine, Cincinnati, OH, 45267, USA.
爱斯坦-巴尔病毒 (EBV) 1型和2型与人类基因和转录因子具有明显的相互作用,影响基因表达,并可能导致狼和多发性硬化症等自身免疫性疾病.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 遗传学是一种遗传学.
背景情况:
- 爱普斯坦-巴尔病毒 (EBV) 有两种遗传类型:第1类 (EBV-1) 和第2类 (EBV-2).
- EBV通过像爱斯坦-巴尔核抗原2 (EBNA2) 这样的蛋白质操纵宿主B细胞的基因表达.
- 1型EBNA2与人类转录因子 (hTFs) RBPJ,EBF1和SPI1相互作用,但2型EBNA2的氨基酸特征较低,相互作用可能不同.
研究的目的:
- 在人类B细胞中研究EBV-1和EBV-2之间的全基因组EBNA2结合差异.
- 确定与人类基因组和相关的hTFs共享和独特的EBNA2相互作用.
- 探索这些类型特定相互作用对基因表达和疾病关联的功能后果.
主要方法:
- 在EBV-1和EBV-2转化的人类B细胞中使用ChIP-seq进行全基因组EBNA2结合分析.
- 通过CHIP-seq实验对hTF动机进行计算预测和验证.
- 分析EBNA2与特定的hTF (SPI1,AP-1,EBF1,RBPJ) 的共同占用以及目标基因表达.
主要成果:
- 数以千计的特定类型的EBNA2 ChIP-seq峰值被确定,表明了不同的基因组结合模式.
- 两种EBV类型都与SPI1和AP-1共同占据基因组,但EBV-1优先与EBF1结合,而EBV-2更喜欢RBPJ.
- 观察到MYC (共享),CXCR7 (1型) 和CD21 (2型) 的类型特定基因表达差异.
- 在系统性红斑狼 (SLE) 和多发性硬化症 (MS) 的风险位置上,EBNA2结合位点被丰富,而2型特别在原发性胆道胆炎 (PBC) 位置上被丰富.
结论:
- EBV 类型与人类基因组和不同的 hTF 合作伙伴具有广泛的,类型特定的相互作用.
- 2型EBNA2可能在自身免疫性疾病中起到新的作用.
- 考虑EBV类型对于理解人类基因表达控制和疾病发病过程至关重要.
更多相关视频
09:43An Efficient and Simple Method to Establish NK and T Cell Lines from Patients with Chronic Active Epstein-Barr Virus Infection
Published on: March 30, 2018
13:22Detection of the Genome and Transcripts of a Persistent DNA Virus in Neuronal Tissues by Fluorescent In situ Hybridization Combined with Immunostaining
Published on: January 23, 2014
相关概念视频
Antigens Involved in Adaptive Immunity
Complete Antigens
Complete antigens possess both immunogenicity and...
T Cell Activation and Clonal Selection
Naive T cells that have not yet encountered an antigen express two primary CD...
Non-LTR Retrotransposons
Diversity of Antigen Receptors
Before encountering any antigen, lymphocytes express these receptors. On B cells, the antigen receptor is a membrane-bound antibody molecule called BCR; on T cells, it is a T cell receptor or TCR. B and T cell receptors are composed of two...
