在狗便样本中确定检测Providencia alcalifaciens的低丰度的元基因学值
Anja Maria Aardal1, Eiril Moen Soltvedt1, Simen Foyn Nørstebø1
1Bacteriology and Mycology Unit, Department of Paraclinical Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway.
Frontiers in cellular and infection microbiology
|March 14, 2024
概括
Providencia alcalifaciens仅在1.1%的健康狗中被发现,这表明发生率很低. 然而,基因组分析的低灵敏度意味着在较低的丰度下更高的流行率不能被排除.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 狗肠道微生物组研究研究
- 转基因组学的应用
背景情况:
- 狗的急性出血性腹综合征 (AHDS) 的原因尚不清楚.
- 在2019年挪威爆发期间,经常在患有AHDS的狗中检测到Providencia alcalifaciens.
- 细菌在健康的狗肠道微生物群中的作用尚不清楚.
研究的目的:
- 通过使用元基因组学来调查健康狗中Providencia alcalifaciens的发生情况.
- 建立可靠的元基因组值来检测犬样中的P. alcalifaciens.
- 为了确定P. alcalifaciens在健康犬群中的流行率.
主要方法:
- 使用尖端样本确定了P. alcalifaciens的元基因学值,并进行了验证.
- 量化PCR (qPCR) 和枪甲基因组学被用于检测.
- 已确定的门值应用于362个健康狗便样本的元基因组数据.
主要成果:
- 对P. alcalifaciens的检测极限为1.1x10^3 CFU/样本.
- 只有1.1%的健康狗中检测到P. alcalifaciens,相对丰度较低 (中位数为0.04%).
- 对于qPCR和转基因组学的敏感性都很低 (40%的培养阳性样本).
结论:
- 在健康的狗中,P. alcalifaciens的发生率似乎很低,基于确定的值.
- 甲基因组分析的低灵敏度表明,在较低的细菌丰度下,不能排除更高的流行率.
- 需要进一步的研究才能充分阐明P. alcalifaciens在狗肠道健康和疾病中的作用.
