组织用于档案的生物成像数据的十个建议.
Paul K Korir1, Andrii Iudin1, Sriram Somasundharam1
1EMBL-EBI, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SD, UK.
F1000Research
|March 15, 2024
概括
本指南提供了改善生物图像数据组织的建议,以提高存档和可用性. 它介绍了bandbox,这是一个Python工具,用于在提交之前识别和修复数据组织问题.
科学领域:
- 生物成像是一种生物成像.
- 数据科学数据科学数据科学
- 科学档案科学档案
背景情况:
- 生物成像仪器仪表和技术的快速进步导致了大量的数据量,使得有组织的数据难以实现.
- 组织良好的数据对于研究人员,临床医生和行业合作伙伴的有效使用至关重要.
- 当前的数据存储实践往往导致难以存档和利用的数据.
研究的目的:
- 提出改善生物图像数据的组织和可用性的策略,用于存档.
- 为生物图像存储者,分析师和软件开发人员提供建议.
- 为多元化社区提高大型生物图像数据集的可访问性和清晰度.
主要方法:
- 基于在EMPIAR,BioImage Archive和BioStudies中存档大型数据集的经验.
- 开发"带盒"Python包,以评估和标记数据组织问题.
- 为数据存储者和开发者制定建议.
主要成果:
- 确定提高数据可用性的关键策略,包括清晰,有序和自我记录.
- "带盒"工具自动评估数据组织,标记诸如冗余目录和无效文件名等问题.
- 提供了建议,以提高数据的连贯性,一致性和可访问性,为各种利益相关者.
结论:
- 实施提出的建议和利用"带盒"等工具可以显著改善生物图像数据组织.
- 增强的数据组织为更广泛的生物成像社区提供了更好的存档,可访问性和可用性.
- 这些战略旨在促进在数据密集型科学学科中进行更实质性的对话和合作.
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