利用长读数测序来检测Pyrenophora teres中使用独特分子标识符的醇真菌杀菌剂耐药性突变

科学领域:

• 农业科学 农业科学
• 分子生物学分子生物学
• 植物病理学 植物病理学

背景情况:

• 防真菌剂耐药性,特别是针对醇14α-脱甲基酶 (CYP51) 的醇,对作物保护构成重大全球挑战.
• 在CYP51的促销器和编码区域突变的快速演变使使用传统方法复杂的耐药性检测.
• 对于快速,灵活的检测技术的需求对于管理杀菌剂耐药性至关重要.

研究的目的:

• 开发和演示一种快速,灵活的方法来检测大麦病原体中复杂的醇抗性突变.
• 捕捉Cyp51A基因中已知的耐药性突变的全谱,包括促销器和编码序列中的突变.
• 评估长读序列的有用性,以表征杀菌剂耐药性.

主要方法:

• 利用牛津纳米孔MiniON进行Cyp51A基因的促进子和编码序列的长读测序.
• 将该方法应用于大麦的净斑病原体的生物复杂样本.
• 专注于与醇耐药性相关的突变的特征.

主要成果:

• 通过MinION测序方法,成功检测出目前已知的所有醇抗性突变.
• 这种方法通过在单个试验中分析多个等位基因来简化抗性检测.
• 证明了捕获复杂突变模式的能力,包括在促进子和编码序列中同时发生的突变模式.

结论:

• 长读测序提供了一个广泛适用和有效的工具,用于表征已知的农业化学点的杀菌剂耐药性.
• 这项技术的移动性和降低成本使其适合在农业环境中实时监测耐药性.
• 这种方法提高了检测复杂的杀菌剂耐药机制的简单性和全面性.