NeuronBridge:一个直观的网络应用程序,用于在大型数据集中搜索神经元形态

科学领域:

• 神经科学是一个神经科学.
• 计算生物学 计算生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 在Drosophila中使用电子显微镜 (EM) 的大规模连接学揭示了神经结构.
• 研究人员通过研究神经元细胞类型,将连接体结构与神经元功能联系起来.
• 现有的方法很难在不同的成像方式 (EM与光显微镜) 中识别特定的神经元.

研究的目的:

• 开发一种工具,以不同方式成像的神经元之间找到形态匹配.
• 为了促进EM连接组数据与现有的神经元库的集成.

主要方法:

• 开发了NeuronBridge网络应用程序.
• 实现一个用户友好的图形用户界面 (GUI).
• 使用无服务器云架构和大规模并行图像搜索引擎.

主要成果:

• NeuronBridge 能够快速,轻松地识别神经元数据集之间的假定形态匹配.
• 该应用程序成功地弥合了EM连接组数据和LM成像的神经元库之间的差距.
• 该工具被全球数百名神经科学研究人员广泛采用.

结论:

• NeuronBridge解决了Drosophila神经科学研究工作流程中的一个关键需求.
• 软件,API和数据可用于集成和重复使用.
• 该应用程序可以在http://neuronbridge.janelia.org.org上作为服务访问.