在发现瘤特异性替代拼接衍生的细胞表面抗原在质瘤的挑战
Takahide Nejo1, Lin Wang1, Kevin K Leung2
1Department of Neurological Surgery, University of California, San Francisco (UCSF), 1450 3Rd Street, Box 0520, San Francisco, CA, 94158, USA.
Scientific reports
|March 17, 2024
概括
研究人员在质瘤中探索了瘤特异性替代拼接 (AS),以找到新的癌症抗原. 他们发现AS事件在空间和时间上过于多样化,在蛋白质水平上无法检测到,这限制了它们在免疫治疗中的使用.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 固体瘤,包括质瘤,由于抗原异质性,对癌症免疫疗法构成挑战.
- 向瘤特异性替代拼接 (AS) 提供了一个潜在的策略,以扩大新抗原的曲目.
- 由AS产生的细胞表面抗原可能会被抗体和仿真抗原受体-T细胞所准.
研究的目的:
- 为了调查瘤特异性AS事件在质瘤.
- 为了识别产生主要基因相容性复合体 (MHC) 独立的细胞表面抗原的AS事件.
- 评估这些AS事件作为治疗点的潜力.
主要方法:
- 从癌症基因组图谱 (TCGA) 和基因型-组织表达 (GTEx) 项目中大量RNA测序数据的系统分析.
- 使用外部RNA测序数据集识别和验证AS事件.
- 在患者衍生的质母细胞细胞上进行全长的转录安普利康测序.
- 对空间映射和纵向收集的临床瘤样本的分析.
- 蛋白质组学分析以检测假定抗原.
主要成果:
- 在7个基因中确定了13个AS事件,预计在10%以上的质瘤患者中表达.
- 在PTPRZ1和BCAN基因中确认AS事件的表达.
- 在临床瘤样本中观察到候选AS事件的显著时空异质性.
- 蛋白质组学分析未能检测出匹配假定AS衍生的抗原的谱.
结论:
- 瘤特异性AS事件在质瘤中表现出显著的时间空间异质性.
- 这些AS事件在蛋白质水平上的难以捉摸的性质为抗原发现带来了挑战.
- 未来的免疫疗法努力可能会从专注于细胞内,MHC呈现的抗原中受益.
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