使用FragPipe-Analyst进行定量蛋白质组学数据的分析和可视化

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 由于其速度和可用性,FragPipe计算蛋白质组学平台被广泛采用.
• 现有的工作流需要用户友好的工具来下游统计分析和定量蛋白质组学数据的可视化.

研究的目的:

• 为FragPipe用户开发一个易于使用的下游统计分析和可视化工具.
• 为主要定量蛋白质组学工作流提供支持.
• 为数据解释和可视化提供高级功能.

主要方法:

• 开发了一个名为FragPipe-Analyst的R闪亮的Web服务器.
• 综合功能用于缺失值赋值,质量控制和集群.
• 使用Limma实现差异表达式分析,使用Enrichr.进行丰富分析.
• 创建了一个R包,FragPipeAnalystR,用于高级和特定站点的PTM分析.

主要成果:

• FragPipe-Analyst提供了一个用户友好的界面,用于下游蛋白质组学数据分析.
• 该工具支持无标签量化,TMT和DIA工作流.
• FragPipeAnalystR将功能扩展到特定地点的PTM分析.
• 这两种工具都是开源的,可以免费使用.

结论:

• FragPipe-Analyst和FragPipeAnalystR提供了可访问的开源解决方案,用于全面的定量蛋白质组学数据分析.
• 这些工具通过实现强大的下游统计和可视化方法来增强FragPipe的实用性.