用RT-PCR分析检测在甲固定,嵌质母细胞瘤样本中的FGFR3::TACC3融合

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 分子诊断学 分子诊断学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 质母细胞瘤治疗可以准纤维细胞生长因子受体3::转化酸性卷轴-卷轴含蛋白3 (FGFR3::TACC3) 融合.
• 由于常规RNA下一代测序和免疫组织化学的局限性,检测FGFR3::TACC3融合具有挑战性.
• 反转录聚合酶连锁反应 (RT-PCR) 在新鲜冷 (FF) 组织上是有效的,但固定在甲上,嵌入 (FFPE) 组织通常是唯一可用的样本类型.

研究的目的:

• 开发和验证一种RT-PCR试验,用于检测FFPE质母细胞瘤样本中的FGFR3::TACC3融合.
• 建立一种可靠的方法来识别有资格接受使用FFPE组织的向治疗的患者.

主要方法:

• 在353个质母细胞瘤样本上进行了FGFR3的免疫组织化学染色.
• FGFR3::TACC3 RT-PCR是在13个过度表达FGFR3的样本中的FFPE组织上进行的,使用了5个原料组.
• 额外的分析包括下一代测序 (NGS),光现场混合 (FISH) 和核聚变负样本的RNA测序.

主要成果:

• 在13个FFPE样本中,RT-PCR检测到7个FGFR3::TACC3融合,确定了3种不同的融合变体.
• 通过RT-PCR在5个样本的FF组织上确认了融合的存在.
• RNA测序发现了一个额外的融合,在队列中的FGFR3::TACC3融合的总频率为2.5% (9/353).

结论:

• RT-PCR是一种可行的方法,用于检测FFPE质母细胞瘤标本中的FGFR3::TACC3融合.
• 开发的RT-PCR测定证明了FFPE样本的100%特异性和83.3%敏感性.
• 这种测定有助于识别使用档案FFPE组织的有针对性的治疗机会.