在小鼠肌肉细胞研究中使用目标下切割和标记 (CUT&Tag) 试验
Yuefeng Li1, Xiaofen Wu1, Ping Hu2
1Guangzhou Laboratory; The Key Laboratory of Biological Targeting Diagnosis, Therapy and Rehabilitation of Guangdong Higher Education Institutes, The Fifth Affiliated Hospital of Guangzhou Medical University.
Journal of visualized experiments : JoVE
|March 18, 2024
概括
与传统的染色体免疫沉 (ChIP) 试验相比,切割目标和标记 (CUT&Tag) 为绘制基因组目标提供了一种更快,更灵敏的方法. 这种技术需要更少的细胞,并提供对转录因子和基因组标记的公正数据.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 染色体免疫沉 (ChIP) 试验是定型基因组结合位的标准,但耗时,并且可以通过染色体碎片化方法 (如超声波或MNase消化) 引入偏差.
- 现有的ChIP协议需要大量的细胞数量和广泛的预处理步骤,这限制了它们的效率和某些研究应用的可访问性.
研究的目的:
- 为研究人员提供详细的协议,用于使用Cleave Under Targets and Tagmentation (CUT&Tag) 来准确地分析基因组位置.
- 突出 CUT&Tag 作为 ChIP 试验的优越替代品,用于绘制染色质结合因子,基因素标记和基因素变异的映射.
- 证明CUT&Tag在各种细胞类型中的适用性,包括小细胞,如小鼠肌细胞和肌肉干细胞 (MuSCs).
主要方法:
- 该协议详细介绍了CUT&Tag的应用,该方法与传统的ChIP相比,涉及更少的步骤和更少的起始材料.
- 使用Concanavalin-A珠子将细胞固定,使CUT&Tag协议能够在多种细胞类型中有效地发挥作用.
- 该方法绕过了对染色质交叉链接和超声波或MNase消化的需求,减少了潜在的实验偏差.
主要成果:
- 切割和标记测试可以在较少的步骤中完成,并且比ChIP测试需要的细胞数量要少得多 (只有5000个).
- 这种技术可以提供更多关于转录因子和基因组修饰的基因组位置的无偏见信息.
- 在CUT&Tag中,更高的灵敏度和更低的背景信号使得从数百万次序读取中可靠的峰值数据生成成为可能.
结论:
- CUT&Tag是绘制基因组目标的高效和敏感技术,比传统的ChIP方法有优势.
- 该协议可以适应各种细胞类型,使其成为表观遗传和基因组研究的多功能工具.
- 研究人员可以通过使用CUT&Tag.通过减少细胞输入和实验时间来获得可靠和公正的结果.
