我们应该测序多少? 对瑞士SARS-CoV-2监测工作的分析
Fanny Wegner1, Blanca Cabrera-Gil2, Araud Tanguy3
1Institute of Medical Microbiology, University of Zurich, Zurich, Switzerland.
Microbiology spectrum
|March 18, 2024
概括
减少对SARS-CoV-2变种的基因组监测仍然捕获了首次检测等关键结果,即使有35%的努力. 然而,准确性下降,特别是在跟踪新出现的关注变种 (VOCs) 时.
科学领域:
- 基因组流行病学基因组流行病学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 由于COVID-19大流行,需要进行广泛的基因组监测,以追踪SARS-CoV-2变种.
- 关于国家监控计划的最佳序列化努力存在争论.
研究的目的:
- 调查减少测序工作对瑞士监测结果的影响.
- 评估较低的测序量如何影响引起关注的病毒变异 (VOC) 的检测和跟踪.
主要方法:
- 利用来自瑞士的大型基因组数据集 (>143k个序列).
- 采用统一的下方采样策略,使用100次代来模拟减少序列.
- 评估了对变种检测,引入速度,血统多样性,集群检测和地理传播的影响.
主要成果:
- 许多监测结果,包括变种引入和集群检测,只需原始测序工作的35%就可以重新总结.
- 减少测序的影响在不同的VOC血统 (例如,Omicron,Delta) 上有显著差异.
- 减少的努力降低了准确性,特别是在检测新出现的VOC和特定变异的引入/集群检测速度方面.
结论:
- 国家基因组监测需要平衡社会利益和成本.
- 虽然可以通过减少测序来捕捉整体的流行病动态,但特定于血统的影响和准确性权衡是关键考虑因素.
- 预先定义的目标对于确定监控计划中适当的测序努力至关重要.


