以为中心的生物信息学识别了新的拉索修饰
Lonnie A Harris1, Hamada Saad1, Kyle E Shelton1
1Department of Chemistry, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, Illinois 61801, United States.
Biochemistry
|March 18, 2024
概括
研究人员使用生物信息学策略在拉索中发现了新的托芬修饰. 这种方法确定了新的酶和结构,进步了我们对这些复杂分子的理解.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 拉索是一种核糖体合成和翻译后修饰 (RiPPs),其特点是独特的麦克罗拉克坦连接和螺纹的轮素构造.
- 生物信息学的进步揭示了拉索中的二次修饰的日益多样化.
- 发现新的辅助修饰对于理解拉索的多样性和功能至关重要.
研究的目的:
- 开发一个有针对性的生物信息战略,以发现新的拉索,对托 (Trp) 进行修改.
- 为了确定新的辅助修饰酶,在拉索生物合成基因集群中作用于Trp残留物.
- 描述新发现的Trp-修饰的拉索及其相关酶.
主要方法:
- 生物信息战略的开发重点在于在拉索基因集群中识别富含Trp的前体.
- 对已识别的基因集群进行生物信息分析,以发现假定辅助修饰酶,包括基酶和二甲基基转移酶.
- 基因产品的生物化学表征,以确认酶活性和识别新修饰.
主要成果:
- 识别了许多可谓的拉索生物合成基因集群,这些基因集群富含Trp.
- 发现了几种假定辅助修饰酶,如基酶和二甲基基转移酶,向Trp.
- 两种新型拉索的表征:含有两种5-Cl-Trp修饰的chlorolassin和含有5-dimethylallyl-Trp和2,3-didehydro-Tyr修饰的wygwalassin.
结论:
- 一个以Trp为中心的生物信息策略是有效的,用于发现新的辅助修改在拉索.
- 这种方法导致了新的Trp-修饰的拉索和它们的生物合成酶的识别.
- 该策略有可能在其他RiPP类中发现辅助修饰,并预测酶功能的潜力.
