hcHCR:人类原发性免疫细胞中RNA的高通量单细胞成像
Manasi Gadkari1, Jing Sun2, Adrian Carcamo3
1Functional Immunogenomics Section, NIAMS/NIH, Bethesda, MD, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|March 19, 2024
概括
我们开发了用于自动成像的高含量杂交连锁反应 (HCR),使单细胞mRNA在原始细胞中进行测量. 这种方法推进了功能性基因组学查,超越了癌症细胞系.
科学领域:
- 细胞和分子生物学 细胞和分子生物学
- 基因组学和蛋白质组学
- 生物技术和生物工程 生物技术和生物工程
背景情况:
- 功能性基因组学和化学选识别细胞因子和治疗点.
- 目前的查方法经常使用癌细胞系和蛋白质标记物,限制了生理相关性.
- 与蛋白质检测相比,高通量RNA可视化方法的探索较少.
研究的目的:
- 适应杂交连锁反应 (HCR) 进行自动化,高内容成像.
- 为了使单细胞mRNA在人类初级细胞中的丰度测量.
- 为一种称为高含量HCR (hcHCR) 的新选技术提供协议.
主要方法:
- 适应的异热信号放大化学 (HCR) 用于RNA FISH.
- 开发了一种自动化,高内容成像测试格式.
- 专注于测量单细胞水平的mRNA丰度变化.
主要成果:
- 提交了高含量HCR (hcHCR) 的详细协议.
- 在人类初级细胞中得到了证明,适应各种细胞类型.
- 建立了hcHCR用于测量转录丰度变化.
结论:
- 高含量HCR (hcHCR) 为基于RNA的查提供了一种新的方法.
- 该方法允许在生理上相关的原始细胞中进行单细胞mRNA分析.
- hcHCR适用于低到中等通量查,重点是转录丰度变化.
