PHARE:一个生物信息学管道,用于从长期读取的纳米孔测序数据中构成多克隆性Plasmodium falciparum感染的组成概况
Salome Hosch1,2, Philipp Wagner1,2, Johanna Nouria Giger1,2
1University of Basel, Petersplatz 1, 4001 Basel, Switzerland.
The Journal of antimicrobial chemotherapy
|March 19, 2024
概括
一个新的生物信息学管道,PHARE,在混合感染中准确检测耐药的Plasmodium falciparum克隆. 这种工具通过揭示各种寄生虫种群的耐药性模式,有助于治疗疟疾.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 寄生虫学的寄生虫学
背景情况:
- 耐药的Plasmodium falciparum克隆构成了严重的公共卫生威胁.
- 检测耐药克隆对于疟疾控制至关重要,但在多克隆感染中具有挑战性.
- 传统方法可能会错过共感染个体中耐药的Plasmodium falciparum.
研究的目的:
- 开发一个生物信息学管道,用于多克隆Plasmodium falciparum样本的组成分析.
- 为了在复杂的感染中准确检测耐药的Plasmodium falciparum克隆.
- 为了利用牛津纳米孔技术MinION测序数据用于疟疾寄生虫分析.
主要方法:
- 开发了"在多克隆性感染中发现P. falciparum具有抗性突变的哈普洛类型" (PHARE) 管道.
- 利用现有的生物信息学工具和定制的Python脚本来进行管道建设.
- 在各种混合比率和临床样本上验证了实验室菌株的PHARE管道.
主要成果:
- 在PHARE管道中,所有测试的数据集都显示出高回忆率和准确性.
- 该管道是基因不可知的,并成功地应用于Plasmodium falciparum耐药性标记基因 (pfdhps, pfdhfr, pfK13).
- 在中非共和国的临床样本上成功申请.
结论:
- 在PHARE管道提供了药物耐药性在流通的Plasmodium falciparum种群的综合视图.
- 这种工具可以为疟疾治疗建议提供信息和指导.
- 在GitHub上公开提供PHARE管道,以便在疟疾研究中更广泛地使用.
