全球基于DNA的环境调查在检测所有原生物种多样性方面有多好? 阿塞林尼达作为偏见表示的一个例子
Fernando Useros1, Iván García-Cunchillos2, Nicolas Henry3,4
1Real Jardín Botánico (RJB-CSIC), Madrid, Spain.
Environmental microbiology
|March 21, 2024
概括
元编码揭示了意想不到的真核生物多样性,但显示了偏见. 龙的丸虫 (Arcellinida) 代表性不足,这表明目前的方法对完整的图像存在局限性.
科学领域:
- 微生物生态学 微生物生态学
- 分子生物学分子生物学
- 单核细胞多样性 单核细胞多样性
背景情况:
- 核糖体基因的元编码已经彻底改变了对微核细胞多样性的理解.
- 欧盟银行存储库包含来自全球样本的18S v4元条码.
- 评估这些数据库的全面性对于生态研究至关重要.
研究的目的:
- 评估EukBank数据库对真核生物多样性的代表性.
- 用Arcellinida作为案例研究来调查元编码方法中的潜在偏差.
- 确定导致某些真核生物群体代表性不足的因素.
主要方法:
- 从EukBank数据库中分析了18S v4元条码.
- 专注于Arcellinida (龙头丸虫) 序列,以评估多样性和丰富性.
- 探索观察到的偏差的潜在原因,包括原料不匹配和目标区域长度.
主要成果:
- 在淡水和土壤中发现了Arcellinida序列,但在丰富和多样性方面表现不足.
- 84%的Arcellinida amplicon序列变体 (ASV) 属于Phryganellina亚序.
- 经过充分记录的Glutinoconcha亚序被边际地代表,这表明了显著的偏差.
结论:
- 虽然元编码对初始微生物真核生物调查有价值,但它表现出偏见.
- 原料结合部位的不匹配和目标区域的长度部分解释了代表性不足.
- 需要替代方法来全面了解原生物种多样性.
