微生物社区分析协议,包括全长16S rRNA序列和Emu
Kristen D Curry1, Sirena Soriano2, Michael G Nute1
1Department of Computer Science, Rice University, Houston, Texas, USA.
Current protocols
|March 21, 2024
概括
使用牛津纳米孔技术 (ONT) 和Emu软件的全长16SrRNA测序提供了精确的微生物社区概况. 这种低成本的方法提高了微生物组分析的分类学分类和物种级别分辨率.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 16S rRNA测序是微生物社区分析的标准.
- 短读测序提供了部分16S rRNA基因信息.
- 第三代测序可实现全长的16S rRNA基因测序,以提高精度.
研究的目的:
- 通过牛津纳米孔技术 (ONT) 提出一个全长16S rRNA测序的协议.
- 引入Emu软件,用于从ONT数据中对微生物社区进行分析.
- 在微生物组分析中实现物种级别的分辨率.
主要方法:
- 用ONT.产生全长的16S rRNA序列.
- 使用EMU软件分析ONT序列.
- 为Emu建立一个定制的参考数据库.
主要成果:
- ONT 测序提供了完整的 16S rRNA 基因序列.
- 软件可以克服不完整的数据库和硬件错误的局限性.
- 管道实现了微生物群落的物种级别解决.
结论:
- 该协议为微生物组表征提供了一个低成本的解决方案.
- 实时,长时间读取的ONT测序与EMU软件相结合,提高了准确性.
- 该方法提供了微生物群落的精确分类.


