Pocket Crafter:一种基于3D生成建模的工作流程,用于快速生成药物发现中的热门分子
Lingling Shen1, Jian Fang2, Lulu Liu2
1Novartis Biomedical Research, Cambridge, MA, 02139, USA. lingling.shen@novartis.com.
Journal of cheminformatics
|March 22, 2024
概括
"口袋工匠"是一个新的3D生成化学工作流程,用于药物发现. 它成功地识别了WDR5的新型活性化合物,证明了成功识别的有希望的方法.
科学领域:
- 计算化学的计算化学
- 药物发现 药物发现 药物发现
- 药用化学 医学化学
背景情况:
- 在早期的药物发现中,找到命中药物是一个关键的瓶.
- 德诺沃分子设计需要高效和有针对性的方法.
研究的目的:
- 为了介绍Pocket Crafter,一个用户友好的管道,用于新的分子生成.
- 通过3D生成建模和实验验证,方便发现命中.
主要方法:
- 使用Pocket2Mol,一个3D生成模型,用于空间分子设计.
- 应用过器用于物理化学性质,药物相似性,SAR分析和聚类.
- 进行了针对WDR5的案例研究,在图书馆中搜索虚拟支架.
主要成果:
- 从诺瓦蒂斯图书馆生成了一组聚焦的2029种化合物.
- 经过实验验证的化合物,识别了一种新型活性化学支架系列.
- 在生物化学和生物物理测试中表现出活性.
结论:
- Pocket Crafter提供了一个有效的端到端的工作流程,用于探索新的化学支架.
- 这种3D生成化学方法显示了在药物发现中成功识别的前景.
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