标志性SNP定义了EuSeqMyTB确定的主要多药耐药性结核菌群,以支持常规监测,欧盟/欧洲经济区,2017年至2019年
Albert J de Neeling1, Elisa Tagliani2, Csaba Ködmön3
1National Tuberculosis Reference Laboratory, Centre for Infectious Disease Control, National Institute for Public Health and the Environment (RIVM), Bilthoven, the Netherlands.
一种新的30-SNP查方法可以识别多耐药结核病 (MDR-TB) 集群. 这种快速的工具有助于监测和跟踪跨境传播的耐药结核病.
科学领域:
- 基因组流行病学基因组流行病学
- 传染病监测 传染病监测 传染病监测 传染病监测
背景情况:
- 欧盟SeqMyTB项目 (2020) 利用全基因组测序 (WGS) 在欧盟/欧洲经济区进行耐药性*Mycobacterium结核病*监测.
- 56个国际集群的多药耐药 (MDR) 结核病 (TB) 克隆被确定.
研究的目的:
- 在WGS数据中建立一个快速,简单的选方法来识别MDR-TB集群.
- 为了促进跨境MDR-TB传播的识别和跟踪.
主要方法:
- 从EuSeqMyTB试点研究 (2017-19) 中选了34个跨境集群,以寻找特征单核酸多态 (SNP) 签名.
- 与先前发布的集群进行链接分析,以确定遗传关系.
主要成果:
- 一个由30个特征性SNP组成的小组被开发用于MDR-TB集群的初始查.
- 四个集群缺乏独特的SNP; 三个是密切相关的,表明一个单一的MDR-TB类.
结论:
- 识别的SNP签名可以集成到常规管道中,以有效监测和查结核病.
- 该SNP小组支持准确沟通国际传播的MDR-TB基因型.
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