昆虫标本的高通量测序与亚最佳的DNA保存,使用实用的,基于板 Illumina-兼容的TN5转化酶库准备方法

科学领域:

• 昆虫学 昆虫学是一门学科.
• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 标准的昆虫学样本存储优先考虑形态学而不是DNA保存.
• 低于最佳的DNA保存影响下游高通量基因组图书馆的准备.
• 保存样本的低DNA产量限制了全基因组测序应用.

研究的目的:

• 为存储在不理想条件下的昆虫标本开发一个具有成本效益,低DNA输入库准备协议.
• 评估从降解的DNA提取物生成全基因组数据的可行性.
• 评估不同存储方法对DNA质量和测序结果的影响.

主要方法:

• 采用了一种基于Tn5转移酶标记的方法,优化了96个井板.
• 将DNA输入减少到6ng,并使用稀释的标记酶.
• 雇佣了直接的放大后聚合和彻底的珠子清理用于图书馆的准备.

主要成果:

• 在90个标本中成功生成了88个中等覆盖率 (>3倍) 的基因组.
• 储存在乙醇中的样本产生较少的DNA,但具有优越的测序统计数据 (阅读时间更长,内源DNA率更高).
• 通过选择最佳的DNA片段,优化珠子清理提高了标记效率.

结论:

• 开发的协议可以从未得到最佳保存的低产量的昆虫DNA进行全基因组测序.
• 这种方法扩大了昆虫学中基因组研究的范围,利用以前具有挑战性的样本.
• 该协议为大规模昆虫基因组学提供了一种实用且具有成本效益的解决方案.