txci-ATAC-seq:一种大规模的单细胞技术,用于分析染色质可访问性
Hao Zhang1,2, Ryan M Mulqueen3, Natalie Iannuzo1
1Department of Cellular and Molecular Medicine, University of Arizona, Tucson, AZ, USA.
Genome biology
|March 23, 2024
概括
我们开发了一种可扩展的单细胞ATAC-seq方法来分析超过40万个核. 这种技术在常见的小鼠模型中揭示了技术工件,影响了基因调节元件的解释.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 单细胞ATAC-seq (scATAC-seq) 对于理解细胞类型特定的基因调节至关重要.
- 现有的方法在可扩展性和吞吐量方面存在局限性.
- 对scATAC-seq数据的准确解释对于生物发现至关重要.
研究的目的:
- 开发一种高通量,大规模的单细胞ATAC-seq方法.
- 以单核分辨率对各种各样的人类和小鼠组织进行分析.
- 在常用的小鼠模型中识别和描述技术工件.
主要方法:
- 整合了基于Tn5转体酶的预索引与10×基因组学单细胞条形码.
- 在多个样本中处理和分析每次反应高达20万个原子核.
- 该方法应用于各种组织,包括人类皮质,小鼠大脑和肺部,以及CC16淘汰模式.
主要成果:
- 从各种组织中成功分析了449,953个细胞核.
- 在CC16淘汰赛小鼠模型中确定了以前被低估的重要技术工件.
- 证明这些来自129个小鼠菌株遗传物质的文物会导致细胞类型特定的调节元件的改变,从而混研究解释.
结论:
- 开发的方法为单细胞ATAC-seq.q.提供了前所未有的规模.
- 鼠标模型中的技术工件可以深刻影响表观遗传学解释.
- 仔细考虑遗传背景对于精确分析表观基因组数据至关重要.
