染色体层面的基因组组合和感染了鱼湖病毒的E11细胞的转录组分析
Xingxing Wang1, Xudong Liu1, Lu Tan1
1Department of Infectious Diseases and Public Health, Jockey Club College of Veterinary Medicine and Life Sciences, City University of Hong Kong, Kowloon, China.
Fish & shellfish immunology
|March 23, 2024
概括
研究人员对条纹蛇头鱼的E11细胞系基因组进行了测序,揭示了其持久的蛇头逆转录病毒 (SnRV) 感染和免疫力受损. 此资源有助于研究鱼湖病毒 (TiLV) 和鱼类抗病毒反应.
科学领域:
- 水生病毒学 水生病毒学.
- 鱼类基因组学 鱼类基因组学
- 比较免疫学比较免疫学
背景情况:
- 来自Channa条纹的E11细胞系对鱼湖病毒 (TiLV) 研究至关重要,但缺乏基因组组装.
- 蛇头复原病毒 (SnRV) 持续感染是E11细胞系的一个独特特征.
- 了解鱼类中的宿主病毒相互作用需要一个注释良好的基因组.
研究的目的:
- 为了测序,组装和注释E11细胞系的基因组.
- 在E11基因组中识别病毒元素,包括SnRV.
- 在TiLV感染期间使用转录学研究宿主病毒相互作用.
主要方法:
- 全基因组测序和E11细胞系的组装.
- 用于基因注释和病毒序列识别的生物信息分析.
- 与Channa argus进行比较的基因组学.
- 模拟和TiLV感染的E11细胞的RNA测序 (RNA-seq).
主要成果:
- 为E11细胞系组装了一个600.5Mb的基因组,其中有24个染色体 (BUSCO得分:98.8%).
- 在E11基因组中确定了SnRV的完整的前病毒DNA.
- 对比分析显示,E11细胞中免疫相关基因的丧失.
- TiLV感染改变了基因表达,抑制了SnRV并激活了其他内源逆转录病毒.
- 在TiLV感染后,免疫反应基因被调高,而代谢基因被调低.
结论:
- E11细胞系基因组组合为研究SnRV,诺达病毒和TiLV.提供了宝贵的资源.
- 转录组数据提供了关于鱼类对病毒感染的细胞反应的见解.
- 这些发现可以指导在水产养殖中针对TiLV的治疗策略.
- 这项研究增强了对鱼类宿主病毒和病毒病毒相互作用的理解.
