ESKtides:一个全面的数据库和挖掘方法,用于ESKAPE菌因子衍生的抗微生物
Hongfang Wu1,2, Rongxian Chen1,2, Xuejian Li1,2,3
1National Key Laboratory of Agricultural Microbiology, College of Biomedicine and Health, Huazhong Agricultural University, Shenzhen Institute of Nutrition and Health, Huazhong Agricultural University, Shizishan Street No. 1, Wuhan 430070, China.
Database : the journal of biological databases and curation
|March 26, 2024
概括
超级细菌,包括ESKAPE细菌,导致数百万人的死亡. 研究人员从菌体和菌体糖化酶 (PGHs) 中鉴定出超过1200万种抗菌,以对抗这些耐药细菌.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 逃生细菌 (菌,黄金葡萄球菌,肺炎菌,巴曼尼菌, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp.) 没有被发现. 是多抗药性感染的主要原因,导致2019年超过127万人死亡.
- 菌素糖化酶 (PGHs) 衍生的抗微生物正在成为对抗多药耐药细菌的有前途的药物.
- 目前从菌体或菌体PGH中提取抗菌素的方法有限.
研究的目的:
- 系统地识别并从菌体及其向ESKAPE细菌的PGH中提取抗微生物.
- 开发一种易于使用的工具,用于预测菌体PGHs衍生的抗微生物和分析它们的特性.
- 创建一个可访问的数据库 (ESKtides),用于浏览,搜索和下载这些抗菌.
主要方法:
- 对6809的全基因组分析ESKAPE从公共数据库中分离了基因组及其相应的菌体.
- 统一的注释过程来识别PGH和矿产衍生.
- 开发一个预测工具,结合原生学,物理化学性质和二次结构分析.
- 创建ESKtides数据库,用于数据管理和访问.
主要成果:
- 从ESKAPE相关的菌体中识别和挖掘具有高抗菌活性的12,067,248种.
- 开发一种功能性工具,用于预测和表征菌体PGHs衍生的抗微生物.
- 建立ESKtides数据库,为这些提供全面的资源.
结论:
- 这项研究提供了大量的潜在抗微生物的库,这些菌体来自向ESKAPE细菌的菌体.
- 开发的工具和ESKtides数据库有助于发现和利用新型抗菌剂对抗多药耐药性病原体.
- 这项工作通过提供新的治疗策略,有助于打击抗菌素耐药性.


